Netopýr jménem Batty totiž přišel o své navigační schopnosti, a tak se přidává ke Crysty, Pips a Broučí jednotce, aby společně zachránili svůj podivuhodný domov před zlým Hexxusem. Ta nejzvědavější z pralesních bytostí , lesní víla Crysta, nedbá na varování svých přátel a prozkoumává svět za hranicemi FernGully. Setkává se s dřevorubcem Zakem, skutečným člověkem, který je do kácení pralesa zapojen. Ale krásy a tajemství FernGully jsou tak veliké, že Zak slibuje pomoci s jeho záchranou. Ale možná je už příliš pozdě. Ďábelský Hexxus se totiž svého plánu jen tak nevzdá a na zničení pralesa trvá