Pokračování kultovního sci-fi nás zavádí do temného světa budoucnosti, ovládaného stroji. Lidstvo trpí v okovech virtuální reality, z které ho může osvobodit veštbou předpovězený Vyvolený. Novodobý spasitel Neo (K. Reeves) musí v 2. části čelit novým soupeřům - jsou jimi Dvojčata, zabijáci, ve skutečnosti smrtící viry, které se pohybují Matrixem a dokážou ho měnit a podřizovat svojí vůli stejně tak, jako Neo. Vyvolenému jdou po krku také agent Smith, který se oddělil od Matrixu a nyní Nea pronásleduje na vlastní pěst. Navíc jako virus dokáže naklonovat sám sebe, takže Neo bude v jedné z vrcholných scén filmu čelit téměř stovce identických agentů Smithů. Mezitím se Trinity a Morpheus snaží zachránit tajemného Klíčníka, který dokáže otevřít každé dveře v Matrixu a je důležitou zbraní lidí v boji proti strojům. I mezi roboty probíhá boj o nadvládu nad virtuální realitou, zároveň se snaží objevit poslední lidské město Zion, ukryté v hlubinách Země.Velký souboj lidí proti strojům může začít